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Enrique ORTEGA

Paris

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En résumé

Mes compétences :
UNIX
Data management
Help desk
Data Mining
Transcriptomique
Python
Community management
Programmation
Perl
Statistiques
Génomique
GNU/Linux
R statistiques

Entreprises

  • Cnrs - Ingénieur Bioinformatique

    Paris 2017 - 2020 Analyse de données NGS. Creation du Data Mangement Plan du laboratoire. Expert linux du laboratoire. Formateur : Introduction à linux et à la programmation (pour biologistes).

  • Cirad - Ingénieur Bioinformaticien

    Paris 2015 - 2015 Organiser et modérer des workshops mensuels sur les technologies RNAseq et GBS.

    Help desk pour les biologistes dans l'analyse NGS (Illumina) et agir comme interface entre biologistes et bioiformaticiens plus expérimentés.

    Data management pour quelques projets. Un peu de développement en python, perl et bash.

    Participation au développement de TOGGLE : http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-015-0795-6

  • Cirad - Ingénieur Bioinformaticien

    Paris 2011 - 2014 Développement en python, R et bash de scripts pour des analyses post-génomiques et transcriptomiques. Soumission de jobs dans des clusters de calcul.
    Application de tests statistiques pour l'intérpretation des données (R et PyStat)
    Génomique comparative et annotation par prédiction d’effecteurs fungiques.

    Installation et maintenance d’un petit serveur local utilisé pour
    le la gestion de données (back up automatiques à partir des serveurs distants), cahier de
    laboratoire ́electronique, des analyses mineures et data mining.

  • Bayer, CNRS - Stagiaire

    2011 - 2011 Développement d'une méthode pour lier une analyse transcriptomique à 2 bases de données pour avoir des gènes candidats mieux annotés pour les expériences à la paillasse.

    Outils utilisés: Python, bash, R, LaTeX

    Développement en python. Plannification et réalisation d'expériences à la paillasse en laboratoires niveau B1 et B2: Préparation de milieux, culture fongique, analyses biochimiques, extractions ADN/ARN, qPCR.

  • CNRS - Stagiaire

    Paris 2010 - 2010 Développement d'un pipeline en bash pour faire un benchmark de programmes de prédiction de motifs génomiques.

  • Bayer, CNRS - Stageiaire

    2009 - 2009 Analyse transcriptomique pour filtrer des gènes candidats à l'acclimatation au pH et des tests biochimiques pour vérifier l'expression de ces gènes.

    Outils : Python, GeneData Expressionnist

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