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CPC-Analytics
- Lead Data Scientist
2015 - maintenant
Je suis associé et lead data Scientist chez CPC Analytics France. Nous utilisons les techniques numériques du Data Mining et du Machine Learning / Big Data Analytics pour améliorer la performance opérationnelle des systèmes de production (exemple : mainenance prédictive, qualité, prédiction de la demande... http://www.cpc-analytics.fr). J'ai également en charge la stratégie de développement technique et scientifique de CPC-Analytics.
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Universite de Wright State (Ohio, USA)
- Chercheur contractuel – Consultant freelance
2012 - 2014
Conception et réalisation d’un prototype de réalité augmentée d’aide à la décision pour la pose des trocarts lors d’opérations laparoscopiques robotisées (mission de 14 mois)
• coordination du projet : identification des besoins (suivi des chirurgiens au bloc), identification des étapes du projet, veille technologique Hi-Tech, création d’un "proof of concept", publications
• prototype basé sur une interface homme-machine : objects 3D interactifs projetés sur l’abdomen du patient et porteur d’informations médicales pour faciliter la localisation des points d’entrées des bras du robot
• réalisation du prototype (hardware et software), traitement d’image, segmentation, tracking, reconnaissance des gestes de la main en temps réel (Python, OpenGL)
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Université de Strasbourg
- Chercheur contractuel
Strasbourg
2011 - 2012
Développement d’une nouvelle méthodologie basée sur le calcul des modes normaux pour l’étude de la dynamique des protéines allostérique dans un contexte de recherche de nouveaux ligands.
• Création et développement théorique d’un algorithme modélisant la dynamique fonctionnelle d’une protéine.
• Évaluation de l’effet d’un ligand sur la flexibilité et la dynamique fonctionnelle de l’actine basé sur l’analyse des modes normaux.
• Optimisation, simulation moléculaire, analyse de données structurée
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Université de Strasbourg
- Chercheur freelance
Strasbourg
2009 - 2011
Etude du changement de conformation du récepteur nicotinique de l’acetylcholine
responsable: Dr. Martin Karplus
Une approche basé sur une analyse des modes normaux d’une protéine définie en gros grain et tout atomes à été développée pour comprendre la transition entre différents états du récepteur nicotinique (nAChR) 42.
Réalisation scientifique:
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• Modélisation du récepteur nicotinique de l’acetylcholine alpha4beta2 dans l’état actif et au repos en utilisant les structures cristallographique GLIC, ELIC et GluCl.
• Création d’un algorithme permettant de générer des structures intermédiaires le long d’un chemin réactionnnel défini par une structure de départ et une structure finale.
• Développement d’un module python associé au paquetage Molpy autour de l’algorithme permettant de créer un chemin de structure entre deux états structurelle d’une même protéine.
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Servier
- Chercheur contractuel
Suresnes
2008 - 2009
Collaborateurs : Dr. Arnaud Gohier (Servier), Dr. Antoine Taly, Jean-Pierre Changeux and Dr. Martin Karplus (Université de Strasbourg)
Dans le cadre d’une collaboration entre l’Université de Strasbourg et la société pharmaceutique Servier, j’ai pris en charge la réalisation d’une campagne de screening virtuel sur les sites orthostériques et allostériques du récepteur nicotinique de l’acétylcholine 7.
• Data Mining et Screening Virtuel appliqués à un récepteur nicotinique afin d’identifier de nouvelles molécules potentiellement thérapeutique (in silico)
• collecte et nettoyage de données non structurées
• Data Mining (Python, Bash, Pipeline Pilot)
• coordination du projet, liaison industrie - université
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Université de Lorraine
- Chercheur contractuel
Nancy
2006 - 2008
Développement et utilisation d’approches théoriques et numériques pour prédire la composition et la structure 3D d’une molécule d’ARN liée à une protéine.
Réalisation
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• Développement d’une approche numérique basée sur le "Fragment-Based Ligand Design" (FBD) pour modéliser le complexe ARN/protéine. La méthode a été appellée "VirtualSELEX3D" en référence avec la méthode expérimentale SELEX (Systematic Evolution of Ligands with EXponential enrichment).
• création d’une bibliothèque de fonctions scientifiques pour structures biologiques 3D (Molpy en Python).
• algorithmes utilisés : clusterisation, backtrack, optimisation, scoring
• Participation à la création d’un serveur web contenant une base de donnée de nucléotide.
Challenge
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• Cette stratégie a été testé durant le challenge CAPRI (Critical Assessment of PRediction of Interactions). Sur plus de 600 modéles, deux de nos prédictions de docking ont été classé parmi les 10 meilleurs résultats.
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Université de Montréal
- Chercheur contractuel – Doctorant
1999 - 2006
Analyse de la structure - fonction du canal potassique de conductance moyenne de la protéine K Ca 3.1
• analyse du signal (Hidden Markov Model . . . ), thermodynamique, théorie de la diffusion ionique, calcul d’énergie libre électrostatique
• construction d’un modèle atomique 3D de la protéine à partir de données expérimentales du laboratoire et de données non structurées issues de publications
• développement d’un algorithme de calcul de la diffusion ionique afin de prédire les parties de la protéine impliquées dans sa fonction
• optimisation, modélisation moléculaire, dynamique moléculaire
• enseignement : physique statistique, thermodynamique
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Cours de Russe à Dubna
- Fondateur / Chef d'entreprise
1998 - 1998
Co-fondateur et dirigeant d’une société dispensant des cours de russe pour adultes au cours de l’été 1998
• recrutement des professeurs, choix des familles d’accueil, accueil et suivi de la clientèle en Russie
• site internet avec inscription en ligne
• seuil de rentabilité dépassé, bénéfices investis dans mon déménagement au Canada
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Expedition Organisation
- FreeLance
1994 - 1994
Manager et leader d’une expédition spéléologique française au nord-est du lac Baïkal
• gestion de l’équipe et du projet en amont et pendant l’expédition, recherche de partenaires russes sur le terrain, logistique, sécurité
• financement : lauréat des Bourses Expé 1994 ➦, sponsors (Crédit Lyonnais, Petlz, FFS)
• label de grande expédition française : 24 cavités explorées, 4 nouvellement découvertes
