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Itk
- Développeuse informatique
Clapiers
2013 - maintenant
iTK développe des outils d'aide à la décision pour l'agriculture basés sur des modèles agronomiques mécanistes.
Ces outils ont pour objectif de guider les agriculteurs dans la gestion de leurs exploitations en leur permettant soit d'anticiper les risques de certaines maladies soit les besoins en intrants (eau, fertilisants) en tenant compte des différents facteurs environnementaux (météo, qualités des sols) et des pratiques culturales.
** Projet R7 FFT ** - Outil personnalisable de gestion intégrée des cultures maïs, soja et blé - de Juillet 2014 à aujourd'hui
** Projet Movida ** - Outil de pilotage de la protection de la vigne contre le mildiou et l'oïdium - de Janvier 2014 à Juillet 2014
** Projet Precovision ** - Outil d'aide à la préconisation en protection et nutrition des cultures - de Mai 2013 à Janvier 2014
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IMGT - CNRS
- Ingénieur d'études en bioinformatique
2010 - 2013
IMGT est un système d’information international de haute qualité dans le domaine de l’immunogénétique et de l’immunoinformatique.
Certification LRQA, Système de management de la qualité ISO 9001:2008.
** Projet IMGT/LIGM-DB **
IMGT/LIGM-DB est une base de données spécialisée de molécules du système immunitaire (immunoglobulines (IG), récepteurs des cellules T (TR) et complexe majeur d'histocompatibilité (MHC)) créée en 1989.
Mon projet a consisté en la refonte complète de l’architecture informatique et de l’interface de requête de cette base de données.
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* Analyse de l’existant et définition du cahier des charges
* Création d’un prototype de la nouvelle interface
* Intégration des évolutions du schéma de la base de données
* Mise en place, implémentation et test de la nouvelle architecture informatique
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Current BioData Ltd. - Geneva, Switzerland
- Chef de projet bioinformatique, en charge de la plateforme éditoriale
2009 - 2010
Current BioData Ltd. est une entreprise de bioinformatique qui fournit un service d’identification des cibles pharmaceutiques.
** Projet Target Intelligence Service (TIS) **
Logiciel en ligne spécialisé dans l’actualité quotidienne à l’attention des décisionnaires de l’industrie pharmaceutique. Ce logiciel comprend également une plateforme éditoriale utilisée en interne par l’équipe de biologistes de Current BioData pour la saisie de données et le traitement manuel d’informations issues du text-mining.
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* En télétravail
* Définition des besoins en collaboration avec les utilisateurs, rédaction des spécifications et attribution des tâches.
* Recrutement d’un développeur junior pour l’équipe informatique de Swansea (Pays de Galles), déplacements fréquents sur site.
* Formation du nouveau développeur sur TIS, revue de code.
* Implémentation et test d’outils de saisi et de traitement des données.
Mots-clés:
programmation Java, Spring framework, Hibernate3, SQL, Oracle, développement d'application Web, Tomcat, Ajax DWR, jQuery, JSP, développement test-driven, JUnit, jMock, indexation de données et recherche textuelle, Hibernate search, Lucene, scripts shell, ANT, iText, Swiss-Prot, NCBI, MeSH, PDB, GO, OMIM, méthodologie AGILE (extreme-programming, Scrum), SVN, Mantis bugtracker
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Current BioData Ltd. - Genève, Suisse
- Bioinformaticienne
2005 - 2009
** Projet Target Intelligence Service (TIS) **
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* En télétravail depuis Octobre 2007
* Implémentation et test d’outils de saisi et de traitement des données pour la plateforme éditoriale.
* Conception et réalisation d’un outil de recherche textuelle de données relationnelles biologiques, éditoriales et bibliographiques.
* Maintenance, automatisation et amélioration des outils d’intégration de données.
* Développement, en pair-programming, d’un système de réplication selective entre bases de données distantes.
* Implémentation d'un système de menus de navigation dynamique, basé sur le modèle de configuration du framework Spring
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Geneva Bioinformatic S.A. - Genève, Suisse
- Bioinformaticienne
2004 - 2005
GeneBio S.A. est une entreprise leader de bioinformatique qui produit des logiciels et des bases de données dédiés à la protéomique.
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* Développement de plusieurs modules d’information de la plateforme de données protéiques « Proxenter »
* Stage de fin d'études (6 mois), conception et réalisation d'un outil de visualisation de données relationnelles, basé sur la technologie TouchGraph
Mots-clés:
programmation Java, JSP, SQL, Oracle, TouchGraph, ontologie
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European Molecular Biological Laboratory - Heidelberg, Allemagne
- Stage bioinformatique - 6 mois
2003 - 2003
* Développement du module « anticorrélation » du logiciel STRING montrant les similarités fonctionnelles entre protéines orthologues.
Mots-clés:
programmation Perl, COGs database
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National Institute for Medical Research, MRC - Londres, Angleterre
- Stage bioinformatique - 2 mois
2002 - 2002
* Modélisation par homologie du domaine central spectrin-like de la Dystrophine et identification des mutations missenses.
Mots-clés:
modélisation de protéines en utilisant le module Homology du logiciel Insight II, alignement de séquences avec ClustalX
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CNRS, Laboratoire PEGM - Grenoble, France
- Stage biologie moléculaire - 1 mois
2001 - 2001
Apprentissage technique en laboratoire
Mots-clés:
amplification de gène par PCR, migration d'ADN sur gel 2D
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C.H.U. Michallon, Groupe GREPI - Grenoble, France
- Stage biochimie - 1 mois
2000 - 2000
Apprentissage technique en laboratoire
Mots-clés:
dosage colorimétrique de protéines, migration de protéines sur gel de polyacrylamide
