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Olivia DOPPELT-AZEROUAL

Paris

En résumé

7 ans d'expérience en Bioinformatique.

Je suis actuellement ingénieur bio-informatique dans l'équipe CIB de l'Institut Pasteur.

Rigoureuse, dynamique, motivée, bon esprit d'équipe.

Bilingue en Anglais.

Informatique:
- Langage: Python, Javan, C, C++, O'camL, Shell, Lua, R, Javascript
- Outils de Développement: Eclipse, Subversion, Maven, Emacs
- Moteur de workflow: Galaxy, Pipeline Pilot
- Gestion de Bases de Données: MySQL, PostgreSQL, Sqlite
- NoSQL: MongoDB, Couchdb

Modélisation moléculaire: MED-SuMo, Interaction Protéine-Ligand and Protéine-Protéine.Annotation fonctionnelle, Modeller
Génomique: Analyse de données NGS

Mes compétences :
Bioinformatique
Modélisation moléculaire

Entreprises

  • Institut Pasteur - Ingénieur Informaticien

    Paris 2012 - maintenant

  • Institut Pasteur - Bioinformaticienne

    Paris 2011 - 2012 Ingénieur Bioinformatique dans la plateforme "Génotypage des pathogènes et Santé Publique"
    - Responsable coté Institut Pasteur du Projet SynBioWatch, projet collaboratif entre l'Institut Pasteur, la start-up Pathoquest et le Centre National de Génotypage (CEA).
    - Gestion de l'instance locale de Galaxy

  • MEDIT SA - Docteur en Bioinformatique - Chef de Projet

    2009 - 2011 MEDIT SA est une société de service et de développement logiciel dans les domaines de la Bio-informatique, Modélisation Moléculaire et Chémo-informatique.

    Rôle:
    - Responsable du serveur MED-SuMo : Ajout de nouvelles fonctionnalités, maintien du code et de la compatibilité avec l’interface graphique MED-SuMo GUI.

    - Recherche : Validation scientifique des nouveaux outils de MEDIT (en 2011 : 1 publication acceptée et 2 en cours)

    - R&D : Mise en place d’un prototype de comparaison et de détection de surface d’interaction protéine/protéine avec MED-SuMo

    - Support pour les évaluations et les ventes

  • MEDIT SA - Sagiaire Master 2

    2005 - 2005 Sujet : Adaptation du logiciel MED-SUMO au criblage de ligands. Implémentation en C++ d’un algorithme de recherche de sous-structures chimiques à partir de code SMILE.

    Encadrement: Olivier Sperandio / François Delfaud (MEDIT SA)

  • MEDIT SA/Université Paris 7 - Doctorante

    2005 - 2009 Implémentation d’une méthode de classification de surfaces d’interaction protéique - Optimisation et Extension du logiciel MED-SuMo. (6 publications)

    - Chef de projet de POPS projet financé par le pôle de compétitivité Systém@tic (http://www.systematic-paris-region.org/en/projets/pops):

    1. Validation scientifique de la méthode de classification de surfaces d’interaction protéique (2 publications)

    2. Adaptation et lancement de l’outil pour une plateforme de cluster multi nœuds (HPC)


    - Écriture des spécifications et programmation d’une extension majeure de MED-SuMo : Intégration d’un programme de fragmentation de ligands et de la gestion de nouvelles bases de données.


    - Encadrement de 2 stagiaires de Master 2 (2008 et 2009)


    Directeur de thèse: Alexandre de Brevern (INSERM UMR-S 665)
    Financement ANRT (thèse convention CIFRE)

  • Laboratoire de Génomique des Microorganismes, UMR 7238 - TER Master1 - Stagiaire

    2004 - 2004 Sujet : Analyse des structures des ARNs. Développement en Java d’une interface graphique permettant la détection de Pseudo-Nœuds dans les ARNs.

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