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Pierrick LUCAS

Maisons-Alfort

En résumé

Après la validation de mon master, j'ai intégré l'Anses au sein de l'Unité Génomique Virale et Biosécurité. Mon travail consiste l'intégration d'outils sur la plateforme Galaxy, la formation des utilisateurs et le traitement de données biologiques (données virales) à l'aide d'outils ou de scripts "home-made".

Découverte de Galaxy et du RNAseq:
De Septembre 2013 à Août 2015, j'ai réalisé un contrat professionnel entre l'IFREMER de Brest et l'Université de Nantes pour valider ma deuxième année de master en deux ans. Durant les périodes en entreprise, j'ai travaillé au sein de l'équipe Bioinformatique sur des données issues du séquençage ARN. J'ai participé à l'intégration d'outils sur une plateforme Galaxy, au traitement statistique des données, à la formation de personnel et au suivi de projet.

Mes premiers pas en Bioinformatique:
Mon master 1 en Bioinformatique et Biostatistiques à l'Université de Nantes m'a permis de découvrir le différents langages informatiques. Un stage de fin d'année au sein de l'INRA de Nantes m'a donné ma première expérience au sein d'une équipe de recherche Bioinformatique. Durant ce stage, j'ai comparé différents logiciels prédisant le temps de rétention pour la chromatographie MS/MS.

Avant la Bioinformatique:
A la suite d'une licence professionnelle qui m'a permis d'acquérir de solides bases théoriques et pratiques, la société Acta Alga m'a donné ma première expérience professionnelle. Durant deux ans, j'ai travaillé avec un ingénieur sur des criblages de microalgues, je suis formé à l'entretien des souches et à la réalisation des différentes analyses (sucres, lipides...).

Mes compétences :
Photobio reacteur
Langage SQL
Bases de données scientifiques
Langages C
JAVA
Bioinformatique
Ingénieur
Biostatistique
Perl
Python
Talend Open Studio
Git
LaTeX
Django
Snakemake

Entreprises

  • Anses - Bioinformaticien

    Maisons-Alfort 2015 - maintenant Intégration d'outils bioiformatiques, formation aux utilisateurs, réalisation de script pour le traitement de données biologiques.
  • IFREMER - Bioinformaticien

    Issy-les-Moulineaux 2013 - 2015 Différentes missions allant de l'assistance informatique à la réalisation de projets bioinformatiques.
  • INRA - Stagiaire en Bioinformatique et Biostatistiques

    Paris 2013 - 2013 Intégration et traitement de données à l'aide d'informations issues de chromatographie MS/MS.
    Utilisation de Talend, PostgreSQL, langages java et html abordés.
  • Acta Alga - Technicien de laboratoire en R&D

    2010 - 2012 Gestion de cultures de microalgues: préparation de milieu, repiquages, travail en conditions stériles, gestion de stocks.
    Suivi de culture: densité optique, comptages manuel ou avec logiciel de comptage, mesure de fluorescence, mesure quantité d'azote.
    Expérimentation en photobioréacteur de plusieurs litres.
    Analyses: filtrations masse sèche, analyseur C/N, chromatographie en phase gazeuse, extraction lipides/pigments/sucres.
    Utilisation de Windows office pour le traitement de données.

Formations

  • Université Nantes

    Nantes 2013 - 2015 Master 2 en contrat professionnel

    Bioinformatique - Bases de données, programmation...
  • Université Nantes

    Nantes 2012 - 2013 Master1

    Programmation: langage C.
    Système de gestion de bases de données: SQL (SQLdeveloper et mySQL).
    Notions de HTML, php.
    Traitement statistique: R.
  • IUT

    Angers 2009 - 2010 Végétale

    Licence Professionnelle : Biologie Analytique et Expérimentale des MicroOrganismes spécialité Végétale
  • Université Bordeaux 1 Sciences Et Technologies

    Bordeaux 2007 - 2009 Biologies des Organismes

Réseau

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